La estructura interna de gobierno y decisión en la Universidad de Puerto Rico en Cayey puede entenderse como de carácter conjuntamente académico y administrativo. A través de su vertiente académica se originan, canalizan y aprueban o trasladan para aprobación por organismos a nivel del Sistema de la Universidad de Puerto Rico las iniciativas de índole curricular. A través de su vertiente administrativa se originan, canalizan y aprueban o trasladan para la aprobación por organismos a nivel de Sistema las iniciativas de apoyo a la calidad de la gestión académica y de servicio a la comunidad universitaria.
Los organismos y funcionarios en los que se origina o aprueba uno u otro tipo de decisión son, desde el nivel de agrupación por disciplina de estudio hasta el nivel institucional, los siguientes: los departamentos académicos con su representación estudiantil, los directores de departamento, la facultad con su representación estudiantil, los decanos, los comités ad hoc entre decanatos, el Senado Académico, la Junta Administrativa y el Rector. La Universidad de Puerto Rico en Cayey tiene una estructura enmarcada en la constitución de tres decanatos, que responden al Rector: Decanato Académico, Decanato de Administración y Decanato de Estudiantes. El Rector es la máxima autoridad académica y administrativa. En el ejercicio de sus funciones orienta y supervisa al personal universitario en las funciones docentes, investigativas, administrativas y técnicas que se llevan a cabo en el colegio.
En la Universidad de Puerto Rico en Cayey hay una sola facultad, equivalente al claustro. La facultad está constituida en sus reuniones por el Rector, los Decanos, los docentes y la representación estudiantil. El 18 de marzo de 1988 el Claustro aprobó el Reglamento Interno de la Facultad de la Universidad de Puerto Rico en Cayey que dispone funciones y responsabilidades de la Facultad, sus oficiales y cinco comités permanentes, a saber: Comité de Personal de la Facultad, Comité de Currículo de la Facultad, Comité de Recursos de Aprendizaje de la Facultad, Comité de Investigación, Planificación, Desarrollo y Presupuesto de la Facultad y Comité de Actividades Interdisciplinarias de la Facultad.
El Senado Académico es el foro oficial de la comunidad académica. Por medio de este, el claustro participa en los procesos institucionales y el establecimiento de normas académicas. Consiste del Rector -quien lo preside- los Decanos, el Director de la Biblioteca, la representación del personal docente de cada departamento, de la biblioteca y de orientación, más dos profesores electos en reunión del claustro, y la representación estudiantil. Recibe las propuestas sometidas por la facultad respecto a la creación y revisión de cursos, sobre las cuales toma decisión final, y respecto a programas académicos, las cuales, de aprobarlas, traslada a la consideración de la Junta Universitaria. Es responsable de determinar la orientación general de los programas de enseñanza y de la aprobación del calendario académico, los requisitos generales de admisión, promoción y graduación de los estudiantes, las normas generales de reclutamiento, permanencia, promoción de rango y licencias de profesores, entender en las consultas para la designación del rector y los decanos y formular recomendaciones a la Junta Universitaria o a la Junta de Síndicos sobre la creación o reorganización de dependencias, sobre el Reglamento General de la Universidad y sobre el Reglamento de Estudiantes.
La Junta Administrativa está compuesta por el Rector -quien la preside- los decanos, el director de la Biblioteca, cuatro directores de departamento, dos representantes electos por el Senado Académico que no sean ex officio y la representación estudiantil. Las funciones y atribuciones de la Junta Administrativa están establecidas por la Ley Universitaria. Asesora al Rector en el ejercicio de sus funciones, elabora los proyectos y planes de desarrollo, aprueba el proyecto de presupuesto sometido por el Rector. La Junta concede, a propuesta del Rector, las licencias, los rangos académicos, las permanencias del personal y los ascensos en rango del personal docente. Aprueba la reglamentación interna respecto a la evaluación del personal no docente y la reglamentación interna concerniente a los servicios y procedimientos administrativos.